Нашел работающую конфигурацию .htaccess для сайта на Yii2 basic шаблона при работе с бесплатной панелью управления хостингом VestaCP. Это, наверное, самый быстрый способ заставить работать сайт, учитывая, что требования к root-директории фреймворка и панели различаются от слова совсем.